Index

_

__init__() (gauche.dataloader.molprop_loader.MolPropLoader method) (gauche.dataloader.reaction_loader.ReactionLoader method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.braun_blanquet_kernel.BraunBlanquetKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.dice_kernel.DiceKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.faith_kernel.FaithKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.forbes_kernel.ForbesKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.inner_product_kernel.InnerProductKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.intersection_kernel.IntersectionKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.minmax_kernel.MinMaxKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.otsuka_kernel.OtsukaKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.rand_kernel.RandKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.rogers_tanimoto_kernel.RogersTanimotoKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.russell_rao_kernel.RussellRaoKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.sogenfrei_kernel.SogenfreiKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.sokal_sneath_kernel.SokalSneathKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.tanimoto_kernel.TanimotoKernel method) (gauche.kernels.graph_kernels.EdgeHistogramKernel method) (gauche.kernels.graph_kernels.GraphletSamplingKernel method) (gauche.kernels.graph_kernels.NeighborhoodHashKernel method) (gauche.kernels.graph_kernels.RandomWalkKernel method) (gauche.kernels.graph_kernels.RandomWalkLabeledKernel method) (gauche.kernels.graph_kernels.ShortestPathKernel method) (gauche.kernels.graph_kernels.ShortestPathLabeledKernel method) (gauche.kernels.graph_kernels.VertexHistogramKernel method) (gauche.kernels.graph_kernels.WeisfeilerLehmanKernel method) (gauche.kernels.string_kernels.SubsequenceStringKernel method)

B

bag_of_characters() (in module gauche.representations.strings) batch_braun_blanquet_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.braun_blanquet_kernel) batch_dice_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.dice_kernel) batch_faith_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.faith_kernel) batch_forbes_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.forbes_kernel) batch_inner_product_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.inner_product_kernel) batch_intersection_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.intersection_kernel) batch_minmax_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.minmax_kernel)

batch_otsuka_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.otsuka_kernel) batch_rand_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.rand_kernel) batch_rogers_tanimoto_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.rogers_tanimoto_kernel) batch_russell_rao_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.russell_rao_kernel) batch_sogenfrei_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.sogenfrei_kernel) batch_sokal_sneath_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.sokal_sneath_kernel) batch_tanimoto_sim() (in module gauche.kernels.fingerprint_kernels.tanimoto_kernel) BraunBlanquetKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.braun_blanquet_kernel)

C

covar_dist() (gauche.kernels.fingerprint_kernels.braun_blanquet_kernel.BraunBlanquetKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.dice_kernel.DiceKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.faith_kernel.FaithKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.forbes_kernel.ForbesKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.inner_product_kernel.InnerProductKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.intersection_kernel.IntersectionKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.minmax_kernel.MinMaxKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.otsuka_kernel.OtsukaKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.rand_kernel.RandKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.rogers_tanimoto_kernel.RogersTanimotoKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.russell_rao_kernel.RussellRaoKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.sogenfrei_kernel.SogenfreiKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.sokal_sneath_kernel.SokalSneathKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.tanimoto_kernel.TanimotoKernel method)

D

DiceKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.dice_kernel)

drfp() (in module gauche.representations.fingerprints)

E

ecfp_fingerprints() (in module gauche.representations.fingerprints)

EdgeHistogramKernel (class in gauche.kernels.graph_kernels)

F

FaithKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.faith_kernel) featurize() (gauche.dataloader.molprop_loader.MolPropLoader method) (gauche.dataloader.reaction_loader.ReactionLoader method) ForbesKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.forbes_kernel) forward() (gauche.kernels.fingerprint_kernels.braun_blanquet_kernel.BraunBlanquetKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.dice_kernel.DiceKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.faith_kernel.FaithKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.forbes_kernel.ForbesKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.inner_product_kernel.InnerProductKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.intersection_kernel.IntersectionKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.minmax_kernel.MinMaxKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.otsuka_kernel.OtsukaKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.rand_kernel.RandKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.rogers_tanimoto_kernel.RogersTanimotoKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.russell_rao_kernel.RussellRaoKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.sogenfrei_kernel.SogenfreiKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.sokal_sneath_kernel.SokalSneathKernel method) (gauche.kernels.fingerprint_kernels.tanimoto_kernel.TanimotoKernel method) (gauche.kernels.string_kernels.SubsequenceStringKernel method)

fragments() (in module gauche.representations.fingerprints)

G

gauche.dataloader.data_utils module gauche.dataloader.dataloader module gauche.dataloader.molprop_loader module gauche.dataloader.reaction_loader module gauche.kernels.fingerprint_kernels.braun_blanquet_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.dice_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.faith_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.forbes_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.inner_product_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.intersection_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.minmax_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.otsuka_kernel module

gauche.kernels.fingerprint_kernels.rand_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.rogers_tanimoto_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.russell_rao_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.sogenfrei_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.sokal_sneath_kernel module gauche.kernels.fingerprint_kernels.tanimoto_kernel module gauche.kernels.graph_kernels module gauche.kernels.string_kernels module gauche.representations.fingerprints module gauche.representations.graphs module gauche.representations.strings module GraphletSamplingKernel (class in gauche.kernels.graph_kernels)

I

InnerProductKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.inner_product_kernel)

IntersectionKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.intersection_kernel)

L

load_benchmark() (gauche.dataloader.molprop_loader.MolPropLoader method) (gauche.dataloader.reaction_loader.ReactionLoader method)

M

MinMaxKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.minmax_kernel) module gauche.dataloader.data_utils gauche.dataloader.dataloader gauche.dataloader.molprop_loader gauche.dataloader.reaction_loader gauche.kernels.fingerprint_kernels.braun_blanquet_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.dice_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.faith_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.forbes_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.inner_product_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.intersection_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.minmax_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.otsuka_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.rand_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.rogers_tanimoto_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.russell_rao_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.sogenfrei_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.sokal_sneath_kernel gauche.kernels.fingerprint_kernels.tanimoto_kernel gauche.kernels.graph_kernels gauche.kernels.string_kernels gauche.representations.fingerprints gauche.representations.graphs gauche.representations.strings

molecular_graphs() (in module gauche.representations.graphs) MolPropLoader (class in gauche.dataloader.molprop_loader) mqn_features() (in module gauche.representations.fingerprints)

N

NeighborhoodHashKernel (class in gauche.kernels.graph_kernels)

O

one_hot() (in module gauche.representations.fingerprints)

OtsukaKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.otsuka_kernel)

R

RandKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.rand_kernel) RandomWalkKernel (class in gauche.kernels.graph_kernels) RandomWalkLabeledKernel (class in gauche.kernels.graph_kernels) ReactionLoader (class in gauche.dataloader.reaction_loader)

read_csv() (gauche.dataloader.molprop_loader.MolPropLoader method) (gauche.dataloader.reaction_loader.ReactionLoader method) RogersTanimotoKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.rogers_tanimoto_kernel) RussellRaoKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.russell_rao_kernel) rxnfp() (in module gauche.representations.fingerprints)

S

ShortestPathKernel (class in gauche.kernels.graph_kernels) ShortestPathLabeledKernel (class in gauche.kernels.graph_kernels)

SogenfreiKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.sogenfrei_kernel) SokalSneathKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.sokal_sneath_kernel) SubsequenceStringKernel (class in gauche.kernels.string_kernels)

T

TanimotoKernel (class in gauche.kernels.fingerprint_kernels.tanimoto_kernel)

transform_data() (in module gauche.dataloader.data_utils)

V

validate() (gauche.dataloader.molprop_loader.MolPropLoader method) (gauche.dataloader.reaction_loader.ReactionLoader method)

VertexHistogramKernel (class in gauche.kernels.graph_kernels)

W

WeisfeilerLehmanKernel (class in gauche.kernels.graph_kernels)